Don Donaldson, piloto y evangelista de Texas, llegó a Guatemala con su familia en 1966 como misionero y predicador. En febrero de 1976, Guatemala fue sacudida por un terremoto, evento que puso de manifiesto la inestabilidad e inaccesibilidad del transporte terrestre en ciertas regiones.

Fue en este contexto que AGAPE inició su labor. Con el propósito de alcanzar las áreas de difícil acceso para predicar y trasladar enfermos, la organización comenzó sus operaciones. En 1978, se unió MAF (Mission Aviation Fellowship), conocida en América Latina como Alas de Socorro, con el objetivo de establecer el transporte aéreo para la comunicación y asistencia médica en las regiones alejadas y afectadas por el terremoto y el conflicto armado interno.

No obstante, MAF se encontró con la sorpresa de que AGAPE ya estaba operando en Guatemala. Por esta razón, MAF decidió trabajar junto a AGAPE, asumiendo la administración, las finanzas y el liderazgo para desarrollar el ministerio de transporte aéreo (para misioneros, iglesias locales y emergencias médicas).

Hasta 1999, MAF operó principalmente con personal estadounidense, a excepción de Ludin Reyes, quien ingresó a trabajar con la organización en enero de 1982. Se necesitaba un piloto nacional debido al conflicto armado interno (1960-1996) que atravesaba el país, pues la guerrilla desconfiaba de los pilotos norteamericanos, considerándolos espías de la CIA o del gobierno. Entre 1976 y 1995, el ambiente bélico fue tenso; los pilotos sufrieron disparos mientras trasladaban enfermos, pastores y misioneros. En 1997, una de las avionetas se estrelló, causando la muerte de tres personas, incluido el piloto.

A inicios de 1999, MAF trajo personal americano para entrenar y desarrollar tres bases (Cobán, Huehuetenango y la Ciudad Capital). Al mismo tiempo, en mayo de ese año, MAF y sus colaboradores enfocaron su atención en la Ventana 10-40 (una parte de África no evangelizada en ese entonces), lugar que estaba en pleno apogeo misionero, pues las misiones internacionales concentraban su mirada en este nuevo campo, bajo la premisa de que Latinoamérica ya estaba evangelizada.

El 31 de julio de 1999, Ludin Reyes (director de AGAPE) reabrió las puertas de AGAPE con las tres avionetas que MAF dejó en el hangar de la Aurora. Su objetivo era continuar el trabajo realizado por MAF, centrándose en los programas bíblicos de discipulado y capacitación en las zonas rurales de difícil acceso. Esto fue posible con el apoyo de Hope Bible Mission, que unió fuerzas con AGAPE a finales de ese mismo año para dar mayor énfasis a los programas bíblicos.

Inicialmente, se trabajó solo con un equipo de voluntarios. Fue a partir de 2001 que se estableció un equipo de trabajo permanente para las diferentes actividades del ministerio.

Actualmente, AGAPE trabaja en el noroccidente de Guatemala, específicamente en el área de Quiché, con programas de capacitación bíblica para pastores y líderes de sus iglesias. Además, asiste en el área de aviación en todo el país, realizando vuelos particulares, de misioneros o emergencias médicas.